X79-UD3板载10个SATA3接口，其中右侧白色的为X79原生SATA3，黑色的两组为原生SATA2，灰色的四个则是由Marvell 88SE9172提供的第三方SATA3接口。

背部IO接口：X79-UD3提供8个USB2.0接口（红色）、2个USB3.0接口（蓝色）、2个E-SATA3.0接口，以及PS2键鼠接口、SPDIF同轴/光纤接口、RJ45网络接口、音频接口。

PCIE插槽：X79-UD3提供4条PCIE 16x插槽，可组建4路SLI/CrossFire，其中第一条永远运行于16x，第三条与第二条共享16x带宽，第四条永远运行于8x，这四条插槽可工作在PCIE3.0的速度。两条PCIE 1x插槽，它们由X79芯片组提供带宽，只支持PCIE2.0的速度。另外该主板还配备了一条PCI插槽，兼顾一些古老的PCI设备使用。